گرچه مرجعيت فقیه به عنوان يك متخصص در علوم مذهبي و به معنای رسیدگی به امور مذهبي شیعیان توسط فقیه سابقه تاریخی دارد. ـ كه آن هم هر فرد شيعه با اختيار و تحقيق خود به طور مجزا فقيهي واجد شرايط را به عنوان متخصص آن هم فقط در احكام دين، براي خود و نه براي ديگران به عنوان مرجع انتخاب مي‌كند ـ اما لزوم حاکمیت سیاسی فقیه بر جامعه تا پیش از نظام جمهوری اسلامی مطرح نشده بود و با مخالفت مراجع عظام تقلید در زمان خود مواجه شد. همچنین منتظری بعنوان بانی اضافه شدن اصل ولایت فقیه به قانون اساسی جمهوری اسلامی و ارائه اختیارات گسترده به وی ، هم اکنون از مخالفان سر سخت آن است.
- آیت الله سید کاظم شریعتمداری
- آیت الله حسینعلی منتظری ولایت مطلقه فقیه را از مصادیق شرک می‌داند. [۳۰]
- آیت الله سید ابوالقاسم خویی نظریهٔ ولایت فقیه را یک «بدعت عاری از هرگونه پشتوانه در قوانین و حکمت شیعی» می‌دانستند.[۳۱][۳۲][۳۳]
- آیت الله سید حسن طباطبایی قمی با نظریه ولایت فقیه مخالف بود. او براین اعتقاد بود که در شرایط کنونی امکان برقراری حکومت اسلامی وجود ندارد. [۳۴]
- آیت‌الله مرتضی مطهری در کتاب پیرامون جمهوری اسلامی می‌گوید: تصور مردم از ولایت فقیه این نبوده و نیست که فقها حکومت کنند واداره مملکت را بدست گیرند، این مفهوم اختصاص به جهان تسنن دارد. در شیعه هیچ‌گاه چنین مفهومی وجود نداشته‌است.[۳۵]
- آیت الله سید علی سیستانی دربارهٔ ولایت فیقه چنین بیان می‌کند که ولایت در آن چه - به اصطلاح فقها - امور حسبیه خوانده می‌شود برای هر فقیهی که جامع شرایط تقلید باشد ثابت است. و اما در امور عامه که نظم جامعه اسلامی بر آنها متوقف است هم در شخص فقیه و هم در شرایط به کار بستن ولایت امور دیگری معتبر است از جمله مقبول بودن نزد عامه مؤمنین.[۳۶]
- آیت الله حسین وحید خراسانی
- آیت الله سید موسی شبیری زنجانی
